TFSをインストールした時に、
・TFSDeleteProject.exe
・witfields.exe
がついてきます。
これを使うとTeamProjectを消せたり、作業項目の項目の名前を変更したり、項目自体を削除できたりします。
この二つを組み合わせて、登録されているチームプロジェクトとカスタマイズした作業項目を全部消してみよう！とか、考えないほうがいいと思います。
Agileのテンプレートを使用した場合であってもTeam Projectが新規に作成されなくなりました。
やらかした手順は以下の通り
1.TFSDeleteProject.exeを使用してTeamProjectを片っ端からDelete
2.TFSFieldMapping.exeを使用して独自に定義した項目のみすべて消去
Agileはいじってないのにー！と思っても取り合ってもらえず。
workitems.xmlで、作業項目のサンプルを作っておく記述をしていると、そこで落ちます。
作業すれば直ったのかもしれませんが
検証用のサーバだったので、さくっと再インストールしてしまいました・・。