UpdatePanel内に配置することが出来ない機能（追記）
VSUG の掲示板を久々に覗いて見た所気になった投稿があったので回答をしてみたのですが、そのやり取りの中で UpdatePanel 内に配置する事でエラーが発生する機能がある事が分かりました。
どうやらダウンロードとアップロードを行う機能は配置することが出来ないようです。（ボタンをクリックしてダウンロード開始等）
UpdatePanel の特徴は Xml-Http リクエストを飛ばしてサーバーサイドで必要な処理を実行した後にレンダリングされた HTML を表示する事だと思います。
多分今回の内容に関しての詳細な原因は良く分かりませんが、以下のような原因が考えられると思います。
- リクエストに対して正しいレンダリングをする事が出来なかった。（サーバーサイドに処理を記述していなければエラーは発生しないため微妙？）
- XML-HTTP リクエストを利用してのファイルのダウンロード（ローカルへの保存）ができない。（あくまで予想）
何であれ UpdatePanel は何かのイベントを利用してパネル内の表示を切り替えるために使うコントロールであると言う事を意識すればこのようなエラーは発生しないんじゃないかと思います。
(´・ω・)決定的な原因を特定する事が出来なくて申し訳ありません。